ธรรมชาติของโรคโครห์นจะมีการดำเนินโรคแบบเรื้อรัง คือ เมื่อได้รับการรักษาจนหายแล้วระยะหนึ่งก็จะกลับเป็นซ้ำหรือมีอาการกำเริบใหม่เป็นๆหายๆเป็นช่วงๆ จากงานวิจัยพบว่ามีโอกาสกำเริบหรือกลับมาเป็นซ้ำถึงร้อยละ 50 ในช่วงปีแรก และการที่โรคกำเริบ บ่อยๆ จะยิ่งทำให้มีโอกาสเกิดโรคซ้ำหรือกำเริบต่อไปในอนาคตมากขึ้นเรื่อยๆในขณะที่หากคุมอาการของโรคได้เป็นปี โอกาสที่โรคจะสงบในปีถัดมาจะสูงถึงร้อยละ 80 ดังนั้นการให้ความร่วมมือในการรักษา เช่น รับประทานยาอย่างสม่ำเสมอ และปฏิบัติตัวให้เหมาะสมจะมีความสำคัญต่อการรักษาโรคระยะยาวอย่างมาก ดังนั้นผู้ป่วยควรหมั่นสังเกตอาการตนเอง หากเริ่มมีอาการผิดปกติที่บ่งบอกถึงภาวะโรคกำเริบควรรีบปรึกษาแพทย์ทันที อาการหรือสัญญาณเตือนที่ผู้ป่วยควรไปพบแพทย์ก่อนนัด ได้แก่