ธรรมชาติของโรคลำไส้ใหญ่อักเสบเรื้อรังจะมีการดำเนินโรคแบบเรื้อรัง คือ เมื่อได้รับการรักษาจนหายแล้วระยะหนึ่ง ก็จะกลับเป็นซ้ำหรือมีอาการกำเริบใหม่เป็นๆ หายๆ เป็นช่วงๆ จากงานวิจัยพบว่า ถ้าติดตามผู้ป่วยไปนาน 2 ปี จะมีผู้ป่วยเพียงร้อยละ 20 ที่พบว่าโรคสงบไม่เกิดการกำเริบ โดยพบว่าการกำเริบของโรคมักจะเกิดขึ้นที่ตำแหน่งเดิมของลำไส้ใหญ่ ดังนั้นผู้ป่วยควรหมั่นสังเกตอาการตนเอง หากเริ่มมีอาการผิดปกติที่บ่งบอกถึงภาวะโรคกำเริบควรรีบปรึกษาแพทย์ทันที อาการหรือสัญญาณเตือนที่ผู้ป่วยควรไปพบแพทย์ก่อนนัด ได้แก่