เป้าหมายในการรักษาโรคโครห์น คือ บรรเทาอาการของโรค ลดการอักเสบ ทำให้โรคสงบ(remission)ให้นานที่สุด การรักษามีทั้ง การใช้ยาหรือการผ่าตัด แต่โรคโครห์นมีโอกาสเกิดโรคแทรกซ้อนได้บ่อยและอาจมีปัญหาหลังผ่าตัดตามมาได้ จึงนิยมเริ่มการรักษา ด้วยยา การใช้ยาในการรักษาโรคโครห์นจะคล้ายคลึงกับโรคลำไส้ใหญ่อักเสบเรื้อรัง แต่การพิจารณาใช้ยานอกจากความรุนแรงของโรค จะต้องพิจารณาถึงตำแหน่งของทางเดินอาหารที่เกิดโรค เนื่องจากโรคโครห์นจะเกิดการอักเสบในตำแหน่งที่หลากหลาย มากกว่าโรคลำไส้ใหญ่อักเสบเรื้อรัง กลุ่มยาที่มีการใช้ในผู้ป่วยโรคโครห์น ได้แก่

นอกเหนือจากยาที่ใช้รักษาโรคโครห์นโดยตรงแล้ว ยังอาจใช้ยาอื่นๆ ร่วมด้วยเพื่อบรรเทาอาการ เช่น ยาแก้อุจจาระร่วง หรือยาบรรเทาปวด